CRISPR w wolnym tłumaczeniu oznacza „zgrupowane, regularnie przerywane, krótkie powtórzenia palindromiczne”. Po raz pierwszy takie charakterystyczne sekwencje zostały zidentyfikowane w genomie bakterii Eschericha Coli w 1987 roku. Przez kolejne kilkanaście lat badacze odkrywali trakty CRISPR w kolejnych genomach prokariotycznych. W połowie pierwszej dekady XX wieku powstała mocna hipoteza mówiąca, że jest to wyrafinowany system ochrony bakterii przed szkodliwym DNA lub RNA analogiczny do eukariotycznej interferencji RNA.
